Anteriormente ao WordPress 2.7 só era possível uma criar uma boa discussão no wordpress com alguns plugins especificos. Esses plugins adicionavam o direito de resposta ao comentário.

Após o WordPress 2.7 ser lançado ele ja implementou em seu core essa que já quase uma necessidade, deixando tudo mais prático e fácil para moderar os comentários. Alem disso você também pode destacar os comentários feitos pelo administrador do blog.
Para ativar a função de resposta nos comentários é fácil. Vamos aos passos:
1 – Vá ao painel de controle do seu WordPress e em seguida abra a opção ‘Settings’ (Opções) no menu. Um sub-menu deve ter aparecido, click na opção ‘Discussion’ (Discussão).

2 – Após a página ser totalmente carregada, procure pela opção ‘Other comment settings’ (Outras configurações de comentários). Nesta página procure pela opção ‘Enable threaded (nested) comments‘, marque a caixa e salve as novas configurações.

3 – Se quiser customizar o jeito como as respostas dos comentários aparecem é so adicionar esses seletores css e customizar ao seu gosto.
ol.commentlist {}
ol.commentlist li {} /* Basic Style for all the comments*/
ol.commentlist li.alt {}
ol.commentlist li.bypostauthor {}
ol.commentlist li.byuser {}
ol.commentlist li.comment-author-admin {}
ol.commentlist li.comment {}
ol.commentlist li div.comment-author {}
ol.commentlist li div.vcard {}
ol.commentlist li div.vcard cite.fn {}
ol.commentlist li div.vcard cite.fn a.url {}
ol.commentlist li div.vcard img.avatar {}
ol.commentlist li div.vcard img.avatar-32 {}
ol.commentlist li div.vcard img.photo {}
ol.commentlist li div.vcard span.says {}
ol.commentlist li div.commentmetadata {}
ol.commentlist li div.comment-meta {}
ol.commentlist li div.comment-meta a {}
ol.commentlist li p {}
ol.commentlist li ul {}
ol.commentlist li div.reply {}
ol.commentlist li div.reply a {}
ol.commentlist li ul.children {}
ol.commentlist li ul.children li {}
ol.commentlist li ul.children li.alt {}
ol.commentlist li ul.children li.bypostauthor {} /* Style for the author of the post*/
ol.commentlist li ul.children li.byuser {}
ol.commentlist li ul.children li.comment {}
ol.commentlist li ul.children li.comment-author-admin {}
ol.commentlist li ul.children li.depth-2 {}
ol.commentlist li ul.children li.depth-3 {}
ol.commentlist li ul.children li.depth-4 {}
ol.commentlist li ul.children li.depth-5 {}
ol.commentlist li ul.children li.odd {}
ol.commentlist li.even {}
ol.commentlist li.odd {}
ol.commentlist li.parent {}
ol.commentlist li.pingback {}
ol.commentlist li.thread-alt {}
ol.commentlist li.thread-even {}
ol.commentlist li.thread-odd {}
Aproveito a deixa para perguntar, vocês gostam de discussões nos seus comentários?


Não basta apenas isso.
O tema também precisa ter as chamadas para os comentários com respostas para que elas funcionem.
O Francis está correto. Apenas essa configuração não resolve a questão das respotas.
Mas tomara que as próximas versões do wordpress venham já com isso automatizado.